Historicky, to trvalo v průměru 11 let, které mají být diagnostikován s celiakií po objeví první příznaky. Však, že záznam se očekává zlepšení, jak pacienti i zdravotníci stále více vědomi nemoci. Celiakie se často pryč nepozorovaně, protože její klasické příznaky se podobají těm z běžných onemocnění, jako je syndrom dráždivého tračníku a intolerance laktózy. Navíc, jedna polovina až dvě třetiny pacientů s celiakií nemají gastrointestinální stížnosti, místo, které vykazují známky anémie nebo únavy. V takových případech, celiakie je obvykle identifikovat pouze poté, co žádné jiné příčiny, jako je například vnitřní krvácení, lze nalézt na těchto symptomů.
Pro lidi s příznaky, vyšetření krve a biopsie jsou považovány za nezbytné pro výrobu definitivní diagnózu celiakie. Krevní testy, které vyhledávají specifické protilátky (anti-endomysiu a proti tkáňové transglutamináze) jsou prvním krokem v diagnostice celiakie. Pokud jsou testovány, je nezbytné neomezovat lepek ve stravě před zkouškou protilátky v krvi nebo biopsii, protože to může zkreslit výsledky a vliv na diagnózu. Jeden nebo více z těchto protilátek se nacházejí téměř ve všem s celiakií, kteří nejsou po bezlepkovou dietu, ale jsou zřídka přítomny u lidí, kteří nemají s touto nemocí. Test negativní krevní lze obvykle vyloučit celiakii. I když pozitivní krevní test na protilátky naznačuje velkou pravděpodobnost mít nemoc, to není definitivní.
Lidé s testy pozitivní na protilátky by měly mít střevní biopsie - zlatý standard pro diagnostiku celiakie. Biopsie bude probíhat v průběhu endoskopie (také volal Ezofagogastroduodenoskopie, nebo EGD). V tomto postupu, provádí v lokální anestezii a sedaci, lékař hadi úzkou trubici s miniaturní kamerou dolů jícnu, přes břicho, a do tenkého střeva. Vedeni obraz na monitoru, váš lékař odebere malý kousek tkáně. Patolog pak zkoumá vzorek tkáně pod mikroskopem důkazy o poškození klků (které, v případě zranění, objeví se plošší, než je obvyklé) a pro zánětlivých buněk, které signalizují autoimunitní reakci.
